Мөнх хаан бөөг мөргөлтөн, мэргэ төлөггүйгээр нэг ч үйлийг эс үйлддэг байсан бол отгон дүү Аригбөх христийн үнэнч загалмайтан “Аврагч Бурхан”-г нийтэд зарлан тунхаглагч байв. Тэдний нэгэн үеийн Бэрх хаан исламын шашинд орон Самарканд хотын нестор-загалмайтнуудыг хядаж явахад буддын шашны агийн ёсны Майдар бурхныг шүтдэг Хүлэг хаан христийн шашныг өмгөөлөн Иерусалимыг исламын шашнаас чөлөөлөхөөр тэмцэж байв. Загалмайн шашныг талархан дэмжигч Хубилай энэ үед Хятадыг эзэлж, элбэн тохинуулж явлаа.
Газар дундын тэнгист монгол хүн гэдэгт исламын шашинт нүүдэлчдийг ойлгож явсан. Монголчуудыг ер нь хэн буддын шүтлэгтэй гэсэн юм, магадгүй халхууд л хожмын буддын шүтлэгтэн байх. Ямартай ч Хархориныг захиран үлдсэн Аригбөх загалмайтан байсан бөгөөд хожим Аригбөхийг дэмжин босон тэмцсэн Тэмүгэ Отчигины угсааны Наяа Хубилайн эсрэг тэмцэхдээ өөрийнхөө туг хиур дээр загалмай хадсан байлаа.
10-р зууны сүүлчээр Хятадаас Христийн шашныг хөөн гаргасны дараа тэнд буддын шашин, даогийн шашин 2 өрсөлдөн тэмцэх болов. Хятан болон Тангадын хаадын дэмжлэгийг хүлээсэн буддынхан ялж байсан ч 1223 онд даосын хувраг Чанчан бумба Чингис хааны өршөөл ивээлийг хүртсэнээр даосын лам нарыг цэргийн албанд татах, татвар төлөхөөс бүрэн чөлөөлүүлж чадав. Ийнхүү давуу байдал олж авсан даосын лам нар буддын сүм хийдээс Буддагийн зураг, хөргийг гарган хаяж Лаоцын баримлыг оронд нь залав.
Өгэдэй хааны үед буддын шүтлэгтэн Елюи Чуцай итгэлийг олж буддын талынхан эргэн сэргэж эхлэв. Мөнх хааны 1255 онд зохион байгуулсан мэтгэлцээнд буддынхан ялсан ч ухаалаг, залирхуу Мөнх хаан “Энэхүү таван шашин нэг гарын таван хуруу мэт надад хэрэгтэй, үнэ цэнэтэй билээ” хэмээн зарлан тунхаглажээ. 1258 онд Хубилай Шанд хотноо шашны мэтгэлцээн зохион байгуулж буддынхныг ялуулжээ. Үүний дараа доасын лам хуврагуудыг сүм дуганаас хөөн гарган сургаал номлолыг нь 1258, 1261, 1280, 1281 онуудад шатаан устгаснаар даосын эсрэг шашны хавчлага явуулжээ.
Хубилайн дэмжлэгээр буддын шашинтнууд илэрхий хавчлага үйлдэх болсон нь нестор-загалмайтнуудын гэдэнг хөдөлгөж орхив. Шашны олон урсгал дундаас нестор-загалмайтнууд нь хамгийн зөрүүд бөгөөд тэд лалын шашинг өмөөрөн герекүүдтэй муудаж, Хар Хятаны нөлөөн дор хүчирхэгжин лалынхантай сөргөлдөж, хүчирхэг бөө аршууд, буддын лам нартай ч эв эвдрэлцсэн байв. Тэдний цорын ганц эв түнжинтэй, найрсаг харилцаатай шашин нь даогийнхан бөгөөд тэд хатуу дэг журамтай, Хятадаас өөр нутагт шашнаа дэлгэрүүлэх хэмээн оролддоггүй байв.
Даогийн шашныг дарангуйлан дэвшин дэгжиж эхэлсэн буддынхан ийнхүү нестор-загалмайтнуудын гэдэнг хөдөлгөж орхижээ. Дорнод Монгол, Умард Манжуурт оршин нэгэнт цагт Хар Хятаныг донсолгон доргиож явсан дайчин удмынхан энэ үед Наяа ноёны захиргаан дор нэгдэн Хубилайн эсрэг босон тэмцжээ. Наяа ноёныг босон тэмцэх үед Хубилай хаан 72 насыг зооглоод байв.
Зүүнгарт эхэлсэн Хайду хааны тэмцэл дуусаагүй байсан учраас Хубилай Наяа ноёны эсрэг хятадуудыг хөдөлгөв. Хөх мөрнөөс хөлөг онгоцоор хятад цэргүүдийг тээвэрлэн Ляо голын адагт авчирснаар тэнд монгол цэргүүдтэй халз тулгарчээ. Наяаг гэнэдүүлэн довтолж цэргийн хүрээг нь бүслэн монголчуудыг хавчин хөдөлгөөнийг нь юуны өмнө хязгаарлаж, гардан тулалдаанд оруулсан байна. Үүрийн гэгээнээс үдшийн бүрий тасартал үргэлжилсэн гардан тулалдаанд хятадууд ялж, монголчуудад морь ашиглах боломж ер олгосонгүй. Эцэст нь босогчид буун өгчээ. Гэвч Наяаг алтан ургийн ёсоор цус гаргалгүй хороож, монгол цэргүүдийг бүгдийн хяджээ.
Бослого дарагдсаны дараа Хубилай Бээжин буцаж, ач хүү төмөр цэргийг удирдан үлдэв. Хубилайг буцсаны дараа өөр нэгэн бослого гарсан нь Хадан ноёны удирдсан бослого байлаа. Төмөр Хадан нар Баруун Хойд Манжуурын Нонни голын эрэг дээр уулзан цус асгаруулан тулалдсан болно. Төмөр 1288, 1289 онд дараалан 2 ялалт байгуулж бослогыг даран Хадан болон бослогын бусад бүх удирдагчдын толгойг аван олзлогдсон Монгол цэргүүдийг Ордос, Амдо нутагт цөлөв.
Багаасаа Христийн шашин шүтлэгээр хүмүүжсэн Хубилай алтан ургийн бусад нөхдийн адил адислагдаагүй болно. Хубилайн шашин шүтлэгт түүний түшиж явсан христ шашинтай Онгуд нарын нөлөө их байсан болов уу. 1289 онд Хубилай “Христийн шашныг удирдах газар” гэгчийг байгуулав. 1260-аад оны дундуур Аригбөхийг ялсныхаа дараа Венецийн худалдаачин Николай, Матвей Поло нараар Ромын Пап ламд захидал илгээн чадварлаг лам хувраг ирүүлэхийг хүсэж, хэрэв чадварлаг лам хувраг хүрэлцээтэй ирүүлэх юм бол би өөрийн ард түмний хамтаар загалмайтан болохоос буцахгүй хэмээсэн байдаг. Гэвч христийн лам нар хэтэрхий хоцорч очсоноор ийм явдал болоогүй ба Наяа, Хадан нарын бослогын дараа хааны Христэд итгэх итгэл алдарчээ.
Хубилайн эсрэг босон тэмцэж түүнд ялагдахгүй байсаар үхсэн жинхэнэ тэмцэгч нь Монголын нэгэн ханхүү болох Хайду хаан байлаа. Хайду хаан нэр алдар, авьяас чадлаараа Аригбөхөөс ч илүү эрс ялгаран гарч байлаа. Тарвагатайн уулсын бэл, Имил голын эргээр нутаглан зан заншлаа аван үлдсэн монголчуудад Хятадад дураараа дургин, улсын нийслэлээ нүүлгэж, улсын нэрээ хүртэл өөрчилсөн Хубилайн үйл явдал ер таалагдсангүй. Хайду Дундад Азид нутагшин суурьшсан монгол хаад, ноёдыг нэгтгэн захирч 1275 онд Хубилай хааны эсрэг тэмцлээ эхлүүлж 1301 онд нас бартлаа тэмцлээ үргэлжлүүлжээ. Хайдугийн эсрэг Хубилай өөрийн хамгийн шилдэг цэргүүдийг, кипчакуудын морин цэргийн хамт хөдөлгөсөн болно.
1297 онд Хайду хаан Сэлэнгэ мөрнийг хүртэл монгол нутгийн гүнд нэвтэрч дахин нэг томхон алхам хийхэд л Хубилайгаас Монголыг салган авч дөнгөхөөр болж иржээ. Энэ үед нэгэн үйл явдал болсон нь Тэндук мужийн захирагч нестор-загалмайтан Коркуз ван католик болж нестор-загалмайтнуудын дайсан болжээ. Коркуз ван Хубилайн дараа Юань гүрнийг залгамжлан аваад байсан Төмөр хаантай холбоотон болж Бээжингийн монголчуудын талд орон Хайдугийн цэргийг Хар Эрчис хүртэл ухраан цохижээ. 1298 онд Хайду хаан үүнд нь хорсож Коркуз ванг Хар Эрчис орчимд олзлон авч цаазлан хороов.
Хайду хааны гол алдаа нь Чингисийн алтан ургийн ноён болох Коркуз ванг цаазлан хороосон явдал, мөн Төмөр хааны талд байлдаж байсан нестор-загалмайтан онгуд, хэрэйд нарыг өөрийн талд татах оролдлого хийгээгүйн дайны хувь заяаг шийджээ. Зүйн католик шашинд урвасан Коркуз вангийн эл үйлдлийг ашиглан Төмөр хааны дор Бээжингийн монголчуудын талд байлдаж явсан онгуд, хэрэйд нарыг өөртөө татан авч чадсан бол монгол Бээжингээс тасран гарах боломжтой байв.
1301 онд Хайду хаан нас барснаар түүний довтолгоо зогсож улам суларсаар унтарсан болно. Хайду хаан шашны хувьд хавчдаггүй байсан учраас түүний цэрэг нестор-загалмайтан, Дундад Азийн исламын шашинтнууд, хар шашинг шүтэгсэд гээд зүсэн бүрийн шашинт хүмүүсээс бүрдэж боловч бүгд Чингис хааны уламжлал, заншлыг хамгаалан тэмцэгчид байв. Тэд ялан дийлж байгаагүй ч ялагдаж сөгдөж явсангүй хэмээн түүхэнд тэмдэглэгджээ.
Ийнхүү 13-р зуунд юун Будда сураг ч байхгүй, нестор-загалмайтнууд Монголын тал нутагт үндсэндээ ноёрхож байсан байна. Нестор-загалмайтан Наяа, Хадан нарын тэмцлийн улмаас Хубилай хааны итгэл эргэж буддын шашинг дэмжигч болон өөрчлөгдсөн болно. Эртний суу алдарт Елюи Дашийн хаант улс оршин байсан нутаг 13-р зууны сүүлээр Хайду хааны эзэмшилд шилжиж, 14-р зуунд Цагадайн удмын Дувагийн эзэмшилд шилжиж, 1306 онд Дува, 1308 онд түүний хүү Күнжиг нас барснаар Дувагийн өөр нэг хүү Эсэнбух хаан суусан ч түүний дараагийн үе болох хүү Кэбэг 1321 онд алуулснаар үймээн самуун үүсэж, 1326 онд Кэбэгийн дүү Тармаширин хаан болсон 1334 онд цаазлуулжээ. Үүний дараа үймээн самуун 1343 он хүртэл үргэлжилж Казан хаан болон хаант төрийг сэргээхийг оролдсон ч Казаган ноёнтой тулалдах үедээ амиа алдаж ахиж хаант улс байгуулах оролдлого гараагүй болно.
